เซเก็นเด็นเซ็ทสึ 3 มีรูปแบบการเล่นคล้ายกับเซเก็นเด็นเซ็ทสึ 2 ซึ่งเป็นภาคก่อน เช่นเดียวกับเกมเล่นตามบทบาทอื่น ๆ ในยุค 16 บิต ซึ่งแสดงมุมมองจากบนลงล่าง ซึ่งตัวละครผู้เล่นสามคนหาเส้นทางภูมิประเทศและต่อสู้กับสัตว์ประหลาดที่เป็นศัตรู การควบคุมอาจได้รับการส่งผ่านระหว่างตัวละครแต่ละตัวได้ตลอดเวลา ส่วนเพื่อนร่วมทางที่ไม่ได้เลือกในปัจจุบันได้รับการควบคุมโดยปัญญาประดิษฐ์ เกมนี้อาจเล่นพร้อมกันโดยผู้เล่นสองคน ซึ่งต่างจากเซเก็นเด็นเซ็ทสึ 2 แบบสามคน[1][2] เกมนี้มีตัวละครที่เล่นได้หกตัว โดยในตอนต้นของเกม ผู้เล่นเลือกได้สามตัวจากที่มีอยู่ทั้งหมดหกตัว ซึ่งอีกสองตัวละครที่สามารถเล่นได้จะเข้าร่วมพวกเมื่อพบกัน ส่วนตัวละครสามตัวที่เหลือทำหน้าที่เป็นตัวละครที่ผู้เล่นไม่ได้ควบคุม (NPCs) เมื่อพบ[3]